Casi en todos mis desktops linux uso XFCE como gestor de ventanas, es bastante completo, liviano y esta desarrollado en GTK, las mismas librerias que GNOME. No es de los mejores, pero para mi si es mejor que usar las ultimas versiones de Gnome o Kde.

También y por cuestiones laborales recientemente he estado trabajando mucho con Netbeans, un IDE de desarrollo bastante completo escrito en Java, con fines de realizar testing y documentación de unos proyectos de software. Un detalle que no me ha gustado mucho es como luce la interfaz de netbeans ya que no se integra con el tema que tengo activo en mi  desktop. La interfaz luce con los colores estandar , algo como esto:

Netbeans-6.9.1-sinGTK

La verdad es que mi tema de escritorio es de los de colores oscuros y al menos es mas relajante a mis ojos, asi que bueno, aqui va como poner tu Netbeans acorde a tu tema GTK, es bastante simple.

Buscamos la ruta donde se almacenan los archivos de configuracion de netbeans, en mi caso ya que lo instale como usuario regular estan ubicadas en mi $HOME.

Edito el archivo netbeans.conf:

$ mcedit $HOME/bin/netbeans-6.9.1/etc/netbeans.conf

y localizo la linea que contenga la variable netbeans_default_options, en mi caso luce asi:

netbeans_default_options="-J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true"

y agrego al final a siguiente cadena:

--laf com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel

y listo, guardo cambios y abro de nuevo netbeans, en mi caso quedo algo asi:

Saludos